首先了解二者在商業模式上的區別
自建平臺是指僅限于自身經營品種的交易網站，屬于“一對多”的商業模式。而第三方藥品交易平臺是獨立的中立服務組織，屬于“多對多”的網上集市模式，類似于阿里巴巴的“撮合模式”。
互聯網經濟的核心在于“開源節流”，例如按照原來的成本只能產生一個地區的覆蓋率，但通過互聯網技術能做到覆蓋全國數十個地區的用戶。自建平臺和借力第三方平臺的目的都在于此，利用信息化手段，實現企業降低成本創造收益的目標。
接下來再分析下企業自建B2B平臺與第三方B2B平臺的優劣勢問題
平臺開發
為拉動更多的線上交易，很多公司會選擇將網站開發外包出去。雖然外包業務可以按照需求進行定制，也正因此容易忽略終端用戶的實際消費模式和行為習慣，平臺易變為另一個版本的ERP系統。那么，對于已經擁有強大的推廣隊伍的公司來說，線上平臺并無太大價值。
在功能上看，第三方平臺的專業優勢突出。平臺開發會從買賣雙方的利益訴求考慮，最終平臺的功能是符合整個市場需求的。而第三方平臺的大量數據樣本，還可為商業提供精準的推廣服務，使其獲得新客資源。
運營成本
平臺建立后需要維系運轉，這時會涉及到很高的人力成本支出。一個平臺至少需要前端、設計、后臺等專業性人才，按照5個員工算。每個員工一年10萬工資，就需額外支出50萬以上的人力成本，這個成本還是持續性投入的。一旦成本支出高，但網站流量和銷量不如人意，此舉實在是事倍功半。
相反，第三方交易平臺原本就是專業從事平臺運營的企業，技術手段非常成熟。關鍵還在于，入駐第三方平臺的成本非常低，甚至是零成本入駐。據了解，目前像以藥品終端網為代表的醫藥2B2網站都是免費使用。
集群效應
這是藥企自建平臺的一個致命劣勢之一，單個藥企的力量始終有限。當平臺成立后，如何在線下基礎上獲得新的終端用戶，如何留住既有的老客戶呢？由于自建平臺僅銷售自營產品，商品品類非常有限。如果平臺不能滿足客戶需求，客戶必然會尋求資源更豐富，服務更完善的大平臺，造成客戶流失。長此以往，很難形成集群效應。
第三方交易平臺，最大的功能在于大量聚集上下游企業。就像超級市場一樣，入駐的商家多了，自然不愁沒有客戶加入。平臺最終會形成穩定的流量，入駐商家完全可以坐享平臺的流量紅利。此外，入駐者還可以共享資源，享受到金融服務、營銷服務等其他支持。
顯而易見，醫藥B2B第三方平臺將會是企業尋找轉型之路的重要助力。相信在不久的未來，會有越來越多的藥品商業公司轉向與醫藥B2B電商尋求更深入的合作。而作為中國B2B電商百強的藥品終端網，或將成為眾多商業公司青睞的合作伙伴，重新洗牌醫藥互聯網產業。
